小児科では、医師３名で外来・入院を担当し、夜間及び休日を含めてオンコール体制で急患に対応しています。
一般病床入院児は、肺炎、気管支炎及び喘息等の呼吸器疾患が中心ですが、脳性麻痺等の基礎疾患のある児や慢性腎疾患及び不登校を含む心身症の児の長期入院が増加しています。センター内には水俣第一小学校及び中学校の分校が併設されており、このような長期入院児でも入院生活を送りながら授業を受けることができるので安心です。
新生児については、熊本県周産期ネットワークの地域施設として、院外出生で依頼があれば救急車を出して搬入しています。当科での治療が困難な新生児（先天性心疾患、新生児外科疾患及び在胎35週未満の早産児、出生体重2000g未満の低出生体重児）は、救急車にて熊本市民病院新生児センターへ搬送しています。
院内においては、すべての骨盤位分娩及び帝王切開には小児科医が立ち会い、また、すべての新生児は出生後小児科医の管理下に置かれます。可能な限り産科病棟にて母児同室、母乳哺育を行っています。
外来は午前中に一般外来を、午後は予約制とし、主として慢性疾患のフォローアップを行っています（腎臓外来、神経外来、喘息アレルギー外来、心身症外来、発達外来、予防接種、1ヶ月検診など）。ただし、急患は随時受け付けています。定期的に、心臓、神経、腎臓、代謝等の専門の医師を招き、診療のレベルアップをはかっています。
以上のように、小児のほぼすべての疾患に対応し、地域の中での多様なニーズに答えるべく、日々医師及び看護スタッフ全員で努力しています。